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Salvados los primeros problemas legales, la SEA quedó definitivamente constituida en el año 2002, y aprovechando el IX Congreso Nacional de Acuicultura (Cádiz 2003), se convocaron las primeras elecciones al Consejo de Dirección y a la Presidencia de la SEA.
Desde entonces la SEA ha participado de manera activa en la organización de los Congresos Nacionales de Acuicultura, inicialmente como entidad colaboradora y actualmente como organizador principal. La SEA también ha organizado varios cursos sobre acuicultura en la Universidades de Cantabria y Madrid, publica en formato digital la Revista AquaTIC (revista oficial de la SEA), fundada por la Universidad de Zaragoza, ha publicado en colaboración con la Fundación OESA, múltiples Hojas Divulgativas sobre diferentes aspectos de la actividad acuícola, ha colaborado en la organización (con la entrega de premios a los mejores póster) de diversos eventos regionales de acuicultura (Foro de los Recursos Marinos y la Acuicultura de las Rías Gallegas, Jornadas de Acuicultura del Litoral Suratlántico, etc.). .
Y como colofón a una década dedicada al fomento y difusión de la acuicultura, la SEA ha publicado un DVD Conmemorativo de su X Aniversario (2003-2013) con todos los Libros de Actas de los Congresos Nacionales de Acuicultura (1985-2013) que ha sido entregado a los socios de la SEA durante la celebración del Día de la Acuicultura 2014.